殺菌滅藻劑是控制冷卻水系統微生物生長很有效和常用的方法之一。殺菌滅藻劑主要分為兩大類：氧化性殺菌劑和非氧化性殺菌劑。
1.氯氣：氯氣是目前用量很大的殺菌劑，但山于易產生三氯甲烷，使用受到一定的限制。
2.次氯酸鹽：次氯酸鹽殺生作用較好，缺點與氯氣相似，因此也受到一定的限制。
3.二氧化氯：二氧化氯今年來在電廠中的應用越來越多，不但適合范圍廣，抑治微生物的能力也比氯氣強，同時還具有剝離性能，缺點是沸點低，氣體和液體均不能運輸，須配發生器到現場制作和使用。
4.溴基殺菌劑：溴基殺菌劑是一種相對較新的殺菌劑，其市場占有量以每年10％的速度平穩增長，缺點是在含有有機磷鹽的水中不宜使用，且價格昂貴。
5.過氧化物這類殺菌劑的突出優點是不會形成有害的分解產物，缺點是可被過氧化物酶分解。
6.臭氧：臭氧是一種強氧化劑，國外已廣泛應用于循環冷卻水處理中，我國尚處于起步階段。特點是作用快，污染小，缺點是氧化能力過強，幾乎沒有緩蝕劑和阻垢劑能與之相配，且需要現場發生，導致成本過高。
7.氯代異氰尿酸類：溶解性好，較次氯酸鹽和氯氣穩定，缺點是價格偏高。如優氯凈，優氯凈學名二氯異氰尿酸鈉。殺菌機理為：二氯異氰尿酸水解后生成次氯酸，次氯酸是強氧化劑，與細胞內原生質（代謝酶）反應生成穩定的氮一氯鍵，達到殺菌目的。
8.氯胺：殺菌持續時間長，并可以抑治微生物后期生長，缺點是殺菌能力差，且價格昂貴 |
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